Khung giá đất được ban hành hàng năm, theo quy định phải được xác định cho sát giá thị trường, tuy nhiên kiểm tra xác suất việc xây dựng bảng giá đất năm 2010 tại 12 tuyến đường và năm 2011 tại bảy tuyến đường cho thấy, giá thực tế cao hơn bảng giá đất của UBND thành phố Hà Nội từ vài chục đến 400 – 500%. 

Ví dụ, theo bảng giá đất năm 2011, giá đất đường 19.5 quận Hà Đông tại vị trí 2 là 9,36 triệu đồng/m2 nhưng giá đất theo phiếu điều tra tại đây là 65 triệu đồng/m2. Việc để giá đất trong bảng giá quá phi thực tế dẫn đến không là cơ sở đúng để tính toán về mức thuế đất cần phải thu khi có hoạt động chuyển nhượng, cho thuế đất đai.

Một vấn đề lớn được thanh tra phát hiện là việc thu, nộp tiền sử dụng đất tại Hà Nội rất bê trễ, với số tiền thuế chậm nộp lên đến hàng ngàn tỉ đồng.